أخذ مفهوم الحاكمية شكل جديد لدى الشيعة تمثل في الإمامة والتي أصبحت نقطة ارتكاز لديهم وقد بدأت من الميل القلبي لعلي بن أبي طالب رضي الله عنه ثم بعد انتقال الرسول صلى الله عليه وسلم إلى الرفيق الأعلى رأت مجموعة من الصحابة أن علي أحق بالخلافة وظهرت فرقة أطلقت على نفسها الشيعة تحول فكر هذه الفرقة إلى المبالغة في تفضيل سيدنا علي وبأن الإمامة بالنص وجعلت مسالة الإمامة من المسائل الدينية التي هي أصل من أصول الدين وبناء على اعتقادهم هذا قالوا بأن الإمام علي معين من قبل النبي صلى الله عليه وسلم.